Индонезии найдены древние горшочки, содержащие остатки специй. До середины XIX века острова архипелага оставались единственным источником мускатного ореха в мире.Арабские торговцы до XIII века хранили нахождение архипелага втайне от европейцев.
Пряность с тех же времен активно используется в народной медицине для лечения разных заболеваний, хотя на самом деле никакими лекарственными свойствами мускатный орех не обладает.