Наталья начинала свой путь с участия в театральных постановках и небольших эпизодических ролей в кино. Сам дебют Гудковой состоялся в 2003-м году в сериале «Адвокат».
Годом позже на экраны вышла драма Павла Чухрая «Водитель для Веры», в которой Наталья исполнила одну из второстепенных ролей.
Тогда же Гудкова сыграла Маргариту в эпизоде комедийного сериала «Моя прекрасная няня». Но несмотря на участие в крупных и успешных проектах, сама Гудкова оставалась в тени.
Первый заметный успех пришел к актрисе в 2006-м году, когда она сыграла персонажа Вику в сериале «Солдаты». Ее героиня так понравилась зрителям, что ее присутствие в проекте продлили еще на три сезона.