Мускусные утки более склонны к насиживанию по сравнению с пекинскими. В течение двух недель накапливают яйца. Собирают их систематически через каждые три часа в дневное время.
Хранят яйца в прохладном проветриваемом месте в корзине или неглубокой коробке. Укладывают яйца для хранения горизонтально слоем не более двух рядов.
При хранении в гофрированных прокладках яйца укладывают вертикально тупым концом вверх. Температура в помещении, где передерживаются утиные яйца, должна быть в пределах 8-15 °С. Провоцируют несушек к насиживанию подкладными, обманными яйцами.
После того как несушка свыклась с ролью наседки и постоянно находится в гнезде, не покидая его, вечером под нее подкладывают осторожно 17-19 яиц.