Сандрин родилась в многодетной семье — была седьмой из одиннадцати детей своих родителей. Большую часть детства она вместе с близкими провела в пригороде Парижа, но, когда после окончания школы решила связать свою жизнь с кино, перебралась во французскую столицу.
Из отчего дома Боннер съехала легко: родители были излишне набожными Свидетелями Иеговы (запрещенная в РФ религиозная организация) — не праздновали дни рождения детей, отказывали наследникам в развлечениях и воспитывали в особой строгости.
Планы Сандрин стать актрисой едва не сорвались: после смерти отца она была вынуждена взять на себя содержание мамы, двоих младших братьев и сестры, у которой ранее было диагностировано расстройство аутистического спектра.
Карьеру в кино Боннер начала в первой половине 80-х и сразу сорвала джекпот: в 1984 году она получила награду главной французской кинопремии «Сезар» в категории «Самая многообещающая актриса» за свою роль в картине «За наших любимых».