Синтоизм - традиционная религия Японии, основанная на вере в ками - духов, населяющих все вокруг. В историях Миядзаки духи и божества часто взаимодействуют с людьми, как, например, в "Унесённых призраками".
Главная героиня, Тихиро, оказывается в потустороннем мире. Это отражает японское верование, в котором граница между человеческим и божественным подвижна и проницаема.
Купальни в аниме-фильме служат местом, куда боги и духи приходят, чтобы омолодиться, что отражает синтоистскую практику очищения и почитания ками.Некоторые фильмы Миядзаки, такие как "Принцесса Мононоке" и "Мой сосед Тоторо", отражают его глубокое благоговение перед природой и затрагивают экологические проблемы.
В картине "Принцесса Мононоке" режиссёр показал борьбу между богами леса и людьми, истощающими природные ресурсы, что является прямым отражением экологического кризиса, вызванного человеческим прогрессом и индустриализацией.В его работах также часто встречаются идиллические, пасторальные пейзажи, которым угрожает человеческая глупость.Пережитые Хаяо ужасы войны и неприязнь к милитаризму повлияли на сюжет "Ходячего замка", в котором присутствует антивоенная тематика.Отец Хаяо, Кацудзи Миядзаки, во время войны был директором фабрики по изготовлению деталей к самолётам.