Ивана Грозного, во второй половине XVI века, в устье Невы построили порт-крепость. Здесь был также большой Государев гостиный двор, пристани и православный храм.Но пришло Смутное время — и сюда вернулись шведы.
В конце XVI века в районе впадения Охты в Неву была построена крепость Ниен.Местоположение объяснялось тем, что это место не заливалось даже при катастрофических наводнениях реки Нева.